Chociaż leczenie kanałowe jest oceniany jako ogromnie precyzyjnym zabiegiem, a dentysta endodonta, który robi leczenie kanałowe, korzysta z mikroskopu, bywa tak, że trudno jest dostać się do wszystkich rozgałęzień kanału zębowego. W takim przypadku konieczna jest resekcja zęba. Taki zabieg polega na dostaniu się do przeoczonej części kanału zębowego, w którym zostało infekcja. Aby dotrzeć do kości chirurg dentysta rozcina śluzówkę. Taką metodą może wnikliwie sprawdzić ząb i wyjąć zaatakowane przez chorobę elementy. W chwili, gdy kanał jest już dobrze oczyszczony wypełnia go specjalnym cementem.
Podobnie jak w przypadku leczenia kanałowego, obecnie w klinikach stomatologicznych, chirurg dentysta wykonuje resekcję zęba pod mikroskopem. To sprawia, że ten zabieg jest wyjątkowo dokładny i pozwala stomatologowi dotrzeć do wszystkich rozgałęzień kanału zębowego. Zwykle już po paru dniach od przeprowadzenia zabiegu, chirurg dentysta może usunąć pacjentowi szwy. To, czy wszystko potoczyło się prawidłowo, można sprawdzić, po upływie tygodni, a tego gruntownym sygnałem będzie zniknięcie bólu.
Z reguły resekcja zęba potrzebna jest, gdy chirurg dentysta nie może zobaczyć dobrze zęba. Na przykład z uwagi na budowę kanału. Zdarza się, że dookoła zainfekowanej tkanki pojawia się torbiel albo ropień okołowierzchołkowy. Wtedy nie ma możliwości dotarcia do zęba poprzez zabieg endodontyczny. Chirurg dentysta oceni co będzie dla pacjenta najlepsze.