Choć endodoncja jest oceniany jako niezwykle precyzyjnym zabiegiem, a stomatolog endodonta, który przeprowadza leczenie kanałowe, używa mikroskopu, bywa tak, że niełatwo jest dotrzeć do wszelkich rozgałęzień kanału zębowego. W takim przypadku niezbędna jest chirurgiczna resekcja zęba. Taki zabieg polega na dojściu do pominiętej części kanału zębowego, gdzie zostało infekcja. Żeby dotrzeć do kości stomatolog tnie śluzówkę. Tym sposobem może porządnie ocenić ząb oraz wyjąć objęte chorobą fragmenty. W momencie, kiedy kanał jest już dobrze oczyszczony wypełnia go przeznaczonym do tego cementem.
Tak jak do leczenia kanałowego, obecnie w gabinetach stomatologicznych, chirurg wykonuje resekcję zęba korzystając z mikroskopu. To oznacza, że każdy zabieg jest bardzo precyzyjny oraz umożliwia stomatologowi dojść do wszystkich rozgałęzień kanału zębowego. Zazwyczaj już po paru dniach od momentu zabiegu, stomatolog może zdjąć pacjentowi szwy. To, czy leczenie przebiegło prawidłowo, można sprawdzić, po upływie czasu, czego podstawowym sygnałem będzie zniknięcie dolegliwości bólowych.
Często resekcja zęba konieczna jest, gdy stomatolog nie może zobaczyć dobrze zęba. Na przykład ze względu na nietypową budowę kanału. Zdarza się, że dookoła zainfekowanej tkanki znajduje się torbiel albo ropień okołowierzchołkowy. W tej sytuacji nie ma możliwości dotarcia do zęba przez leczenie kanałowe. Chirurg stomatolog zdecyduje co będzie dla pacjenta najlepsze.